為加強三峽水庫環境保護，重慶市充實了市環境保護委員會，由市長王鴻舉擔任主任；成立了市長任組長、分管副市長任副組長的主城區排水工程建設領導小組和由分管副市長任組長的三峽庫區水污染防治領導小組。各區縣(自治縣)都成立了相應的組織工作機構，以加強對水污染防治工作的領導。

     為落實責任，重慶市環保局還會同市發改委編制了《重慶市〈三峽庫區及其上游水污染防治規劃〉(修訂本)實施方案》，明確了市級部門和有關區縣(自治縣、市)政府的責任。

     重慶市環保局印發了《關于開展三峽庫區四期蓄水環境保護專項驗收的函》，對檢查驗收的范圍、內容、標準、程序和時間安排都做了具體要求。6月28日~7月5日，對三峽庫區四期蓄水涉及區縣(自治縣)的環境保護專項驗收工作進行了抽檢。

     重慶市還開展了重點環境安全隱患企業的應急預案檢查及環境風險的排查，規范并落實環境風險評價等制度。建立健全了環境應急聯動機制，構建了市級與區(縣)級、環保部門與企業之間的應急聯動網絡體系。開展了環境應急演練，嚴格執行環境污染事故報告制度，建立和完善環境應急考核體系。